启东市中医院全体医职员工贯彻实践“三个代表”重要思想，坚持“一切以病人为中心”的服务理念，努力开拓，不断提高医疗服务质量。近年来在基本规模建设、业务技术建设、就医环境建设以及行风建设等硬软件方面取得了跨越式发展。业务收入和工作量每年均有较大幅度的递增，2005年全年业务收入3538.76万元，与去年同期相比增长17.94%。
平均每个职工业务收入14.93万元，与去年同期相比增长15.67%，收支结余320.08万元，比去年同期增长32.06%，净资产增加了642.39万元，比去年同期增长21.45%，固定资产总值达3053.59万元，总资产达4445.34万元。全年药品收入占医药收入比重为51.36%，低于58%的标准。全年完成门诊量81657人次，同比增长5.0%，其中较高日门诊量为371人次。收住住院病人3677人次，同比增长20.1%；较高日住院病人为131人。医院较为完善的配套设施、精良的医疗设备、精湛的医疗技术、温馨的服务环境赢得了社会的赞誉。
启东市中医院是一所具有中西医结合特色的,集医疗、教育、科研为一体的市级综合性医院、二级甲等医院、爱婴医院、南京中医药大学实习医院、上海中山医院医疗部启东分部、启东市华侨诊疗中心。
启东市中医院十分重视科技人才的培养和建设。有高级职称41人，中级职称68人，拥有江苏省有突出贡献中青年专家1人、省“333工程”培养对象1人、南通市科技专业技术拔尖人才3人、南通市新世纪科学技术带头人培养对象2人、南通市名中医2人。科室设置较为完善，设有临床一级科室15个：急诊科、内科、中医科、外科、骨伤科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮肤科、针灸科、推拿科、肛肠科、麻醉科。
设有7个中心和重症监护病房：华侨医疗中心、内窥镜诊疗中心、无张力疝修补中心、腰椎间盘突出症治疗中心、眼科中心、血液净化中心、碎石中心、ICU。临床二级专业组21个：内科分设心血管、神经、消化、肾脏内分泌、呼吸、血液、肿瘤专业组；外科分设骨科、普外、胸外、脑外、泌尿、烧伤整形、肿瘤专业组；中医科分设中医内科、中医妇科、中医外科、肝胆病、脾胃病专业组；妇产科分设产科、妇科专业组。
业务一级科室7个：检验科、放射科（分设普放室、CT室、磁共振）、病理科、功能科（分设超声室、心电图室、脑电图室、经颅多普勒室、碎石排石室、高压氧舱室）、药剂科（分设制剂室、门诊西药房、病区西药房、中药房、成药房、中药库、西药库、成药库）、手术室、供应室。
中西医结合专病门诊12个：慢性肝炎、结石病、慢性肾炎、不孕症、咳喘、声带小结、溃疡性肝炎、银屑病、颈椎病、前列腺病、腰椎间盘突出症、疑难杂症。耳鼻咽喉科是南通市重点专科。中医科、肛肠科、皮肤科、针灸推拿科、骨伤科等特色专科，在社会上有着广泛的影响力，多年来受到了众多患者的青睐。
启东市中医院注重高新技术的开发和应用，医疗技术迅速发展。除了开展常见的手术外，还开展了放射介入治疗，心肌梗塞、脑梗塞的早期溶栓治疗，长期性和临时性心脏起博器安置，胰十二指肠联合切除，肝切除，左上腹联合脏器切除，无张力疝气修补，腹腔镜下胆囊摘除、腹腔镜下妇科手术，肺癌切除，食道癌切除，全髋置换，人工股骨头置换，交锁髓内钉应用，全喉切除发音重建，上颌骨截除，颈淋巴结清扫，白内障、青光眼手术，广泛子宫切除，盆腔淋巴结清扫，子宫肌瘤射频消融治疗，各种颅脑外伤颅内血肿清除，颅骨修补等高难度手术。
启东市中医院已形成良好的科研氛围，积极开展科研活动。现有省、市立项科研课题10多项。其中已获得省厅科技进步二等奖5项，南通市科技进步三等奖4项。在省级以上学术刊物发表论文220篇。
拓展外向联系，引进高新技术，服务于广大患者。上海中山医院医疗部启东分部的成立，使疑难病人能够尽快地转至中山医院，中山医院由专人接待，优先检查、住院、手术。医院也可随时邀请中山医院专家教授来启东替患者会诊。与中山医院成立内镜技术合作中心，每周一由全国著名内镜专家中山医院教授来院亲自为病患者作电子胃镜检查，每月两次由中山医院腹腔镜专家来院作腹腔镜下胆囊摘除术及妇科手术。
南通医学院附属医院全国著名眼科专家每周一来院为眼科患者会诊。上海瑞金医院腰椎间盘突出症治疗专家每周六来院为患者进行CT下药物导入治疗。全国著名心内科专家北京协和医院教授长年在院会诊，为心血管病人、糖尿病病人、高血压病人带来了福音。
启东市中医院实行院科二级负责制，中层干部全员竞聘上岗，实行综合目标管理责任制，注重德、能、勤、绩的工作实绩。使医院内形成了不靠资历靠能力，不靠关系凭业绩的良好工作氛围。加大了对“红包”的治理力度，通过一次申告待岗制，向社会服务承诺，设立举报箱、意见簿，公布举报电话，不定期随访出院病人等措施，割断了“红包”滋生的根源。今年，医院副主任以上的专家向本院职工发出了“规范行医、不收红包”的倡议，全体医务人员都作出了不收受“红包”、“回扣”的承诺，倡议书和承诺书都在医院的显著位置和所在科室张贴公示，接受社会各界的监督。
开展“温馨服务工程”，热情服务广大患者。市中医院历年来是启东市绿化达标单位，庭院式的医院环境让人赏心悦目。进入门诊大厅，导医小姐的热情服务，倍感温馨。大屏幕电子显示屏公示药品及医疗收费价格、医院承诺内容、专家介绍及医疗服务项目。电子触摸屏让每一位住院病人及家属实时了解患者的用药收费情况。全年全日制门诊医疗服务，极大地方便了病人就诊。
门诊部全面推行病人选择医生制，不仅让病人拥有了知情权，而且引入了竞争机制，让医生在病人的选择中自然的优胜劣汰。如果你是就诊者，从门诊的这一刻起将得到医院全程的医疗呼应。导医小姐为你办理住院手续并送至病区，病区服务中心已为你铺好了床铺，使你感觉不是亲人胜似亲人。住院期间实行费用每日清单制，病区内药品、检查费用公示栏，让你看明白病，花明白钱。
院内所有窗口实行敞开式电脑联网服务。病室内统一安置多功能健身摇床，每间病房均装上电话和空调，配有卫生设施，书报免费阅读，达到宾馆化服务。